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IMPLEMENTATION-NOTES.md

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+# 実装記録 — v41
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+## 目的
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+v38 の描画・空間探索・水域/岩編集・Web Worker を維持しつつ、生態学コアを実単位ベースへ置換する。ユーザー指定により水深と人為的攪乱は実装しない。初期水域は厳密面積探索を使わず概ね2倍とし、ユーザー編集水域には倍率を掛けない。
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+v41 では追加要求により、実験用 API と詳細診断出力を削除した。
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+## v41 で削除したもの
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+- Worker: `set-interactions`
+- Worker: `set-climate`
+- Worker: `run-batch`
+- batch progress/result/error 出力
+- `benchmark.mjs`
+- runtime interaction graph 置換機能
+- `consumptionFlux`
+- `assimilationFlux`
+- `respirationLoss`
+- `trophicFlux`
+- `populationByGroup`
+- `biomassByGroup`
+- `meanBodyMass`
+- `occupiedArea`
+- `resourceTurnover`
+- これらのためだけに存在した production/consumption counters
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+`worker.js` の state message は Canvas/UI の描画に必要な内部通信なので残す。`stats()` は `time / temp / population / plant / species / generation` のみ返す。
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+## 生態ロジック
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+- `DT = 1/24 day`
+- producer: grid biomass field
+- zooplankton: grid cohort biomass
+- consumers: individual agents
+- interaction graph: `ecology/feeding.js` の固定 sparse graph
+- feeding: Holling denominator + Rall allometric/temperature scaling
+- predation event: continuous rate → `1-exp(-rate*dt)`
+- metabolism: `M^0.75` + ectotherm Arrhenius response
+- reproduction: parent survives birth
+- mortality: background / starvation / thermal / predation / lifespan
+- movement: Hirt maximum-speed fit + behaviour-specific speed + daily budget + home range + dispersal
+- growth: structural mass と reserve energy を分離し、juvenile growth は余剰 energy から支払う
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+## v41 監査中の修正
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+追加監査で、陸上 producer の light field が既に shade を含むのに growth 側でも shade を掛けていた二重適用を発見し、growth 側では light を一度だけ使うよう修正した。
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+v40 では aquatic producer growth に dissolved oxygen multiplier を掛けていたが、元仕様の式は
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+`mu = muMax(T) * min(fN, fP) * fLight`
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+であり DO は phytoplankton growth の直接因子として指定されていなかった。v41 では DO multiplier を producer growth から削除した。
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+また、年齢だけで `biomass()` を決めていた処理を廃止し、`structuralMassKg` を個体状態として保持するよう変更した。成長は reserve floor を超えた energy だけを使用し、成長コストは provenance に較正値として明記した。
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+## 水域
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+初期 procedural water の半径だけ `sqrt(2)` 倍する。重なりのため union 面積は厳密2倍にはならない。面積を計測して二分探索するコードはない。
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+ユーザー編集では `setWater()` が渡された円群を clone してそのまま採用する。既定追加半径は 170 m のまま。
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+## 文献値と較正値
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+Hirt / Rall / Bissinger 等から直接採用した係数と、simulator calibration を `PARAMETER-PROVENANCE.json` で区別する。routine movement、home range、life history、resource K、zooplankton cohort 係数などは普遍的な実測定数とは主張しない。